据CNKI中国知识资源总库、中国科学文献计量评价研究中心和中国学术期刊（光盘版）电子杂志社文献检索分析中心的最新统计结果（《中国学术期刊综合引证年度报告(2006版)》），《甘肃农业大学学报》影响因子由2004年的0.463上升到2005年的0.715，增长率54.42％，在省内大学、专科院校学报中排名第一，在全国32所农业大学学报中排名第二（仅次于《南京农业大学学报》）；总被引频次上升为616，递增226次，年增幅57.7%，高于甘肃省全国性科技期刊的增幅（29.18%）；5年影响因子达0.653；即年指标0.114；被引期刊数216种；被引半衰期从2004年的5.3年缩短为2005年的4.5年；网页下载率15；载文量175；期刊信息密度4.31页/篇；基金资助论文132篇，占71%，这一比率处于甘肃省大学学报第二位。

近两年来，学报建设和发展得益于学校各级、各部门领导和专家教授及广大教职工的大力支持和关心、校内外广大作者踊跃投稿、审稿专家严格把关、编委会各位专家悉心指导，编辑部通过改善办刊基础设施和条件、完善审稿机制、激励优秀稿源、分栏排序、突出自然科学类板块和农科特色、版心双栏排版、提升期刊的学术质量和出版质量、与知名期刊互登征订启事、网页更新等举措显著提高了刊登的论文学术品位和办刊质量，并加大宣传力度，学报的影响因子和被引频次连年持续上升，对于扩大我校的学术影响力和知名度起到了广泛的宣传作用，校内外稿源数量和质量也明显上升。

目前在国内3大期刊数据库中，《甘肃农业大学学报》被收录为中国科技论文统计源期刊的核心期刊和中国科学引文数据库核心期刊的扩展库（CSCD）。在中国科学引文数据库中，全国学术期刊共有997种（包括38种英文版期刊）入选，甘肃省现有地方性科技期刊只有2种入选。